Le loyer est fixé librement entre les « parties », c'est-à-dire le propriétaire et le locataire, lors de la négociation du bail d'origine. Il peut parfois être ensuite modifié :
- le contrat de bail a pu prévoir une indexation annuelle, sur un indice (ex : coût de la vie des ménages urbains) qui s'applique automatiquement au montant du loyer.
- Quand le loyer n'a pas été modifié (à part l'indexation automatique) depuis trois ans, le propriétaire peut demander à réviser son montant.
Sauf exception, l'augmentation est cependant limitée en fonction de la variation de l'indice du coût de la construction publié par l'INSEE.
- Lors du renouvellement du contrat de bail : le principe est que le loyer doit correspondre à la valeur locative du local. Si le propriétaire et le locataire n'arrivent pas à trouver un accord sur cette valeur locative, celle-ci est décidée par le Président du Tribunal de Grande Instance statuant comme Juge des Loyers Commerciaux après, dans certains cas, conciliation devant la « Commission des loyers ». Il en existe une par département.
- Toutefois, pour les baux de 9 ans, voire 12 ans, les loyers sont plafonnés et ne varient qu'en fonction de l'indice du coût à la construction. Attention : il existe des exceptions : par exemple, s'il y a eu modification des « facteurs locaux de commercialité », le montant du loyer pourra évoluer davantage.
Ces facteurs sont, par exemple, l'importance de la ville, du quartier, l'implantation du commerce, les moyens de transport à proximité, etc., qui auront pu changer pendant les 9 à 12 ans du bail.
Attention : La rénovation du centre ville de BORDEAUX a entraîné ces dernières années une évolution significative des loyers commerciaux.
Les charges
La situation varie souvent suivant l'usage des locaux. Il est par exemple possible de répercuter sur le locataire la charge de l'impôt foncier, ce qui, fiscalement, est considéré comme un supplément de loyer.
Le dépôt de garantie
S'il porte sur plus de deux termes de loyers, il porte intérêt au profit du locataire.
Le pas de porte ou droit d'entrée
Il arrive que le bailleur demande une somme d'argent ainsi nommée à son locataire, à l'entrée dans les lieux, ou que l'ancien locataire en demande le remboursement au nouveau.